与火电燃煤机组的生产运行相比，流域梯级水电站节能调度具备以下特点。
(1)高效利用水能资源，避免弃水
水电类机组进行节能调度时。按照水库的调节能力进行排序，以体现充分利用水能的目标。其中，无调节能力的机组按无调节、日调节排序；有调节能力的机组按季调节、年调节、多年调节排序。当有调节机组出现非正常弃水时，列无调节能力的水能发电机组之前，并按调节能力由小到大优先调度。同一位序电站排名不分先后，电网调度机构可根据电厂不同时期对电网和社会的重要程度，组合机组黑启动、电压支撑、防洪、供水、航运等情况作适当调整。对流域梯级水电站，应积极开展水库优化调度和水库群的联合调度，合理运用水库蓄水，并努力提高水能利用率。
(2)上下游梯级水电站之间密切的发电水量、水头联系
下游梯级水电站发电水量即为上游梯级水电站的下泄水量，或主要取决于上游水电站下泄水量。因此，下游水电站的发电量受上游水电站发电量影响明显。此外，在汛期，若在准确进行洪水预报的基础上实施上下游梯级水电站联合调度。还可实现汛前适当提前降低水位，增加调节库容拦蓄小洪水；汛末及时拦蓄洪水尾巴，增大枯水期发电水量。流域梯级水电站还存在水头之间的联系，下游水库若水位过高，则抬高了上游电站尾水位，降低上游水库发电水头，减少发电量；下游水库若水位过低，则自身发电水头亦可能偏低，也会导致发电效益减少。
(3)复杂性与外部性
水电站及其水库本身的工作条件就很复杂，再加上它们不但与电力系统和水利系统的其他组成单元和部门有着广泛而密切的联系，还与社会、经济、行政和生态环境等方面有着种种联系和相互影响；而决定这些内外部条件、联系和影响的原始信息(特别是天然来水径流，以及电力负荷、系统结构组成、可用容量及其他部门的综合利用要求等)由于受很多随机因素和不确定性因素的影响又不能准确预知，因而使流域梯级水电站节能调度变得较为困难和复杂。
另外，流域梯级龙头水库通常具有较强的调节性能，且往往兼顾发电、灌溉、供水、防洪、航运、环境保护等多重功能。因此，在进行流域梯级水电站节能调度时，需针对其运行方式特点，综合考虑各项因子的重要性，权衡利弊，建立数学模型，力求实现流域梯级水电站多目标优化运行的最佳方案。
(4)经济补偿问题
首先，在进行节能调度过程中，具有良好调节性能的上游大型水电站对天然径流的调节，可使下游水电站的能量效益在不增加任何额外投入的情况下得到不同程度的提高。如通过施益电站对洪水过程和水库所拦蓄洪水的水量调节作用，使下游各梯级水电站避免或减少弃水损失，产生增发电量；通过对水量在时间上的调节，使各梯级水电站多发高峰电量，产生电价效益等。然而在当前多由单一项目设置投资主体、电价尚不能做到按质论价、不能按照同网同质同价的原则定价的现实条件下，这种调节性能好、对电力系统贡献大的水电站的总效益尚不能在其自身的发电量和售电收人中完全体现，客观上造成电站上网电价较高，投资收益吸引力小，无法保障投资者能获得合理的投资回报，不利于促进我国水能资源的开发利用。因此，流域梯级水电站节能调度中的调节效益补偿问题迫切需要研究。
其次，调频、调峰和备用是电力安全可靠运行的特定要求，是电力运行自身特点所决定的。由于过去所有机组都有着大致平均的计划发电量，也都有参与调频调峰的义务，所以并未考虑制定发电机组调频、调峰和备用补偿办法。而如今《节能发电调度办法(试行)》取消了计划电量，规定所有并网运行的发电机组按照调度指令参与调频、调峰和备用。由此所带来的调频、调峰和备用补偿问题如何解决？这也是关系到流域梯级水电站节能调度能否顺利进行的一个大问题。
